Carigradski patrijarh Jeremija dodelio je 1592. godine Kijevsko-pečerskoj lavri status stavropigije (odnosno, manastira, direktno potčinjenog patrijarhu).
Krajem XVI i u prvoj polovini XVII veka, u uslovima ekspanzije unijatizma, lavra je odigrala odlučujuću ulogu u očuvanju pravoslavlja u jugozapadnoj Rusiji. Tokom 1627-1647. godine, za vreme uprave mitropolita Petra (Mogile), manastirska štamparija postala je jedan od vodećih centara izdavanja pravoslavnih knjiga u istočnoj Evropi.
U manastiru je 1631. godine bila organizovana najviša bogoslovska škola Kijevsko-Mohiljanski kolegijum (kasnije akademija) koja je postojala do 1817. godine.Među njenim predavačima i učenicima bili su
vodeći ruski prosvetitelji Simeon Polocki, Teofan Prokopovič, arhiepiskop
Dimitrij Rostovski, državnik Aleksandar Bezborodko, kompozitori Dmitrij Bortnjanski i Artemij Vedelj i drugi.
Kijev se 1654. godine vratio pod okrilje ruske države (konačno je postao deo Rusije 1686. godine). Od 1688. godine Kijevsko-pečerski manastir je stavropigija Patrijarha moskovskog i cele Rusije. Lavra je 1786. godine bila potčinjena Kijevskom mitropolitu.
Sve do 1917. godine, manastir je bio jedan od glavnih duhovnih i kulturnih centara pravoslavne crkve, u njemu su postojali velika biblioteka, parohijska škola, izdavačka kuća koja je godišnje štampala do 100. hiljada primeraka knjiga i 130. hiljada letaka i brošura i dr.
U januaru 1918. godine lavru su opljačkali crvenogardejski odredi, a njenog nastojatelja Vladimira (Bogojavljenskog) ubili. Nakon konačnog uspostavljanja sovjetske vlasti u Kijevu 1920. godine, na teritoriji Lavre je osnovano nekoliko ustanova, među kojima grad invalida, Muzej kultova i života (1922) i dr. Međutim
do 1930. godine u delu prostorija lavre nastavio je da postoji manastir, a u nekim hramovima i dalje su obavljana bogosluženja.
Teritorija lavre je 1926. godine proglašena istorijsko-kulturnim državnim rezervatom i bila je pretvorena u Sveukrajinski muzejski grad, koji je objedinio kompleks muzeja, biblioteka i arhiva.
Trećeg novembra 1941. godine, ubrzo nakon što je nemačka vojska okupirala Kijev,
uništen je centralni hram lavre – Uspenski sabor (obnovljen 2000. godine).
Krajem 1941. godine na inicijativu shiepiskopa Antonija (Abšidzea) u delu lavre – Bližnjih peščerah, oživeo je manastir koji je postojao do 1961. godine.
Tokom 1961-1988. godine manastir je bio zatvoren, na teritoriji lavre funkcionisao je Kijevsko-Pečerski državni istorijsko-kulturni rezervat.
U junu 1988. godine, nekoliko dana pre početka obeležavanja svečanosti povodom jubileja hiljadugodišnjice od pokrštavanja Rusije, Kijevsko-pečerska lavra obnovila je svoj rad kao manastir. Crkvi su vraćene Dalje peščere, a u februaru 1990. godine Bliže.
Kompleks građevina Kijevsko-pečerske lavre 1990. godine uvršten je u Uneskovu listu svetske baštine.
Ukazom ukrajinskog predsednika od 13. marta 1996. godine, Kijevsko-pečerskom istorijsko-kulturnom rezervatu dodeljen je status nacionalnog.
Odlukom Vlade Ukrajine iz 2013. godine, 75 objekata Donje lavre predati su na besplatno korišćenje manastiru. Istovremeno, ostali su u državoj svojini, kao i ceo kompleks građevina Gornje lavre.
Glas javnosti/Sputnik