On je tako pravosnažno osuđen na četiri godine zatvora zbog špijunaže, odnosno odavanja tajnih podataka službeniku ambasade SAD u Beogradu, američkom državljaninu, 2002. godine.
Kako navode iz suda, Perišić je osuđen je jer je 14. marta 2002. godine u restoranu "Šarić" na Ibarskoj magistrali predao tajne vojne podatke službeniku ambasade SAD Džonu Nejboru, koji su kod njega kasnije pronađeni. U pitanju je zapisnik sa kolegijuma nacelnika Generalštaba Vojske Jugoslavije održan 11. oktobra 2001. godine, koji je označen stepenom tajnosti "Vojna tajna-strogo poverljivo" i sadrži tajne vojne podatke, a koji je, prilikom intervencije organa bezbednosti Vojske Jugoslavije i vojne policije pronađen kod pomenutog američkog državljanina.
"Od njega su dokumenta oduzeta i to: nedeljni plan rada NGŠ VJ za period od 26. februara do 4. marta, pregled koji se odnosi na spisak pukovnika – kbb VJ za unapređenje u čin generala – admirala period kraj 2001. godine, stanje i funkcionisanje sistema obezbeđenja državne granice SR Jugoslavije od 11. oktobra 2001. godine. Zatim "Informacija o regulisanju stanja u službi profesionalnih vojnih lica čina generala – admirala od 24. januara 2001. godine koja je upućena predsedniku SRJ", dokument "Aktuelna bezbednosna situacija u okruženju i SRJ sa tendencijom njenog razvoja", "Spisak generalnog kadra VJ van naredbe predsednika SRJ" i "Spisak objekata i kompleksa VJ koji se mogu staviti u funkciju šire društvene namere", saopšteno je iz suda.
Kako dalje navode, Dan nakon toga, prilikom pretresa radnog kabineta Perišića u Vladi Srbije pronađene su i diskete na kojima su se nalazili tajni vojni dokumenti – zapisnici sa kolegijuma NGŠ VJ održanih tokom 1999, 2000. i 2001. godine.
Istom odlukom Miodragu Sekuliću i Vladanu Vlajkoviću potvrđene su kazne od po godinu i po dana zatvora zbog odavanja vojne tajne, navodi se u saopštenju Apelacionog suda u Beogradu.
"Presudom ovog suda preinačena je prvostepena presuda Višeg suda u Beogradu kojom je Perišić bio osuđen na tri godine zatvora zbog krivičnog dela špijanaža. Apelacioni sud je u obrazloženju naveo da je kaznu Perišiću povećao imajući u vidu više visokih funkcija koje je Perišić obavljao u najvišim organima vlasti i da je kao njihov nosilac "u jačem stepenu bio dužan da čuva temeljne vrednosti na kojima počiva pravni sistem i bezbednost države", navode iz suda.